Reparto

La historia empieza 14 años después del Casi Tercer Impacto, el gobierno japonés decide desmantelar NERV y arrestar a su personal, durante los 14 años varios miembros de NERV obtienen su libertad y deciden formar una organización llamada WILL-E cuyo supuesto propósito es limpiar los mares, en realidad tratan de detener los planes de la nueva NERV. Ikari Shinji se despierta y ve lo que él provocó, tratando de arreglarlo, sin darse cuenta de lo que provocaría

En un mundo de oscuridad y muerte, sólo un cazador se atreve a poner fin al control que los vampiros ejercen sobre los humanos. Una bella muchacha, Doris, ha sido escogida por el conde Magnus Lee para ser su entretenimiento temporal. Debido a las marcas de su cuello el pueblo la desprecia y mas de uno querría verla muerta. En su desesperación, Doris está dispuesta a dar su vida por un enigmático cazador llamado "D" quien puede ser su única salvación. Antes de que "D" pueda llevar a cabo sus planes, el conde secuestra a Doris y el cazador no tendrá más remedio que entrar en el castillo del conde para rescatarla.

La espectacular batalla entre los Evangelion, las máquinas de combate definitivas creadas por la humanidad, y las insondables entidades conocidas como ángeles se intensifica hasta alcanzar el punto de ruptura a partir del cual ya nada volverá a ser como antes. Bajo el incesante ataque invasor, la agencia NERV activa dos nuevas unidades de Eva pilotadas por la misteriosa Mari Illustrious Makinami y la agresiva Asuka Langley Shikinami. Por su parte, Shinji Ikari trata de soportar la presión del gran destino que le ha sido encomendado como piloto del Eva 01 con el único propósito de ganarse el afecto de su padre. Pero Gendo Ikari tiene su propia agenda secreta que incluye utilizar a su hijo y a la enigmática Rei Ayanami para despertar al Eva 01 y provocar el Tercer Impacto mucho antes de lo previsto.

Seele ordena un ataque sin cuartel contra NERV con el objetivo de destruir los Evas antes de que Gendo pueda provocar el Tercer Impacto y la unión de las almas humanas.

En 1999 un cataclismo ocurre en la Antártida llamado "El Segundo Impacto" como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como "Ángeles". Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, aunque gradualmente se va recuperando. Años después, los "Ángeles" regresan y comienzan a atacar a la Tierra. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los "Ángeles".