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Catorce años después del frustrado Tercer Impacto. Las unidades EVA 02 y 08, pilotadas por Asuka Langley Shikinami y Mari Illustrious Makinami, serán las encargadas de realizar una misión para recuperar un contenedor cruciforme, en el que se encuentra la unidad 01, que fue sellada con Shinji Ikari en su interior después del Tercer Impacto. Pero antes de poder recuperarlo, serán atacados por la Némesis, un grupo de veloces drones, que no dejaran que esta importante misión tenga éxito.

Bajo el constante ataque de los Angeles, NERV introduce dos nuevos pilotos: la misteriosa Makinami Mari Illustrious, y a la intensa Asuka Langley Shikinami. Paralelamente, Gendo Ikari y SEELE proceden con el proyecto secreto que involucra tanto a Rei como a Shinji. You Can (Not) Advance comienza con el ataque del Tercer Ángel y la aparición de una nueva piloto con el EVA-05, mientras Asuka llega a Tokio-3 con el EVA-02 durante el ataque del Séptimo Ángel. Mientras avanza, la película vuelve a mostrarnos los clásicos conflictos emocionales de la serie, añadiendo nuevas escenas y mejor animación, con un final apocalíptico sorprendente..

NERV se enfrenta al Decimoctavo Ángel, pero al final el destino del mundo depende de las elecciones de Shinji.

En 1999 un cataclismo ocurre en la Antártida llamado “El Segundo Impacto” como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como “Ángeles”. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, aunque gradualmente se va recuperando. Años después, los “Ángeles” regresan y comienzan a atacar a la Tierra. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los “Ángeles”.

La cuarta y última entrega de Rebuild of Evangelion. Misato y su grupo anti-NERV Wille llegan a París, una ciudad roja por la coreización. La tripulación del Wunder aterriza en una torre de contención. Tienen 720 segundos para restaurar la ciudad. Cuando aparece una horda de NERV Evas, la Unidad 8 del Eva mejorado de Mari debe interceptarla. Shinji, Asuka y Rei deambulan por Japón.