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Mientras las Guerras Clon barren la galaxia, Anakin Skywalker y su nueva aprendiz Padawan, Ahsoka Tano, se aventuran en una arriesgada misión para rescatar al hijo secuestrado de Jabba el Hutt, el señor del Crimen. El renegado Conde Dooku y su letal y cruel vasalla Asajj Ventress harán todo lo posible por hacerles fracasar, haciendo que la misión de Anakin Skywalker tenga graves consecuencias.Mientras, en la línea de batalla, Obi-Wan Kenobi y el maestro Yoda lideran el masivo ejército clon en un valiente esfuerzo por derrotar al ejército droide y resistir a las fuerzas del lado oscuro.

Sigue a los Clones experimentales y de élite conocidos como "El Lote Malo" mientras encuentran su camino en una galaxia que cambia rápidamente después de la Guerra de los Clones.